冲锋舟外机使用长轴与短轴的区别在于其适用范围和使用效果不同。

1. 长轴外机：长轴外机是指外机的轴长比较长，通常超过船壳的深度。长轴外机适用于船壳比较深的冲锋舟，可以使外机的螺旋桨下沉到水中，提高推进效率和稳定性。同时，长轴外机还可以提高舵的作用力，使得驾驶员更容易控制船只的方向。

2. 短轴外机：短轴外机是指外机的轴长比较短，通常等于或略大于船壳的深度。短轴外机适用于船壳比较浅的冲锋舟，可以避免外机的螺旋桨碰到水底或受到损坏。同时，短轴外机的重心较低，可以降低船只的重心，提高稳定性。

总之，长轴外机和短轴外机的选择应该根据冲锋舟的实际情况来确定。如果冲锋舟的船壳比较深，则建议选择长轴外机，可以提高推进效率和稳定性；如果船壳比较浅，则建议选择短轴外机，可以避免螺旋桨碰到水底或受到损坏。在使用外机时，需要注意安装正确，调整好外机的角度和深度，以保证外机的正常运转和使用效果。